Khoa Kinh  tế và Quản lý được thành lập vào năm 1979. Trải qua gần 40 năm kể từ ngày thành lập đến nay, Khoa đã được đặt và đổi những tên sau: (1) Khoa Bồi dưỡng (1979-1984); (2) Khoa Kinh tế Thủy lợi (1984-2006); (3) Khoa Kinh tế và Quản lý (từ 2007 đến nay).

Giai đoạn từ 1984 - 2006, Khoa được đổi tên thành Khoa Kinh tế Thuỷ lợi, ngoài việc tiếp tục đào tạo kỹ sư kinh tế thuỷ lợi hệ chuyên tu (4 năm), Khoa bắt đầu mở và đào tạo kỹ sư kinh tế thuỷ lợi hệ chính quy (5 năm). Từ năm học 1989 - 1990 Khoa dừng đào tạo hệ chuyên tu (lớp Chuyên tu 24KT là lớp cuối cùng của hình thức đào tạo này) và bắt đầu tập trung đào tạo hệ chính quy. Lớp 31K là lớp chính quy Kinh tế - kỹ thuật đầu tiên đánh dấu bước trưởng thành mới và khẳng định vị trí của Khoa trong hoạt động đào tạo của Nhà trường.

Những năm đầu khi mới thành lập Khoa, nền kinh tế Việt Nam đang còn hoạt động theo cơ chế bao cấp nên tư duy kinh tế còn bị hạn chế, và công tác quản lý kinh tế còn đang bị xem nhẹ. Tư tưởng bảo thủ trước cái mới còn rất phổ biến. Trong bối cảnh đó, việc thành lập Khoa không tránh khỏi những thách thức về vị thế và tiềm năng của ngành Kinh tế và quản lý trong trường kỹ thuật.

Thêm vào đó, trong thời gian đầu, đội ngũ giáo viên của Khoa còn mỏng, chưa có giảng viên được đào tạo chuyên về Kinh tế thuỷ lợi. Chương trình đào tạo, giáo trình, tài liệu phục vụ giảng dạy và học tập tất cả đều docác thầy cô giáo  trong Khoa tự xây dựng. Do đặc thù của chuyên ngành đào tạo, nên có ít tài liệu giảng dạy và tài liệu giảng dạy ở trong nước, còn nguồn tài liệu từ nước ngoài thì rất khó.

Từ cuối những năm 1980, nước ta từng bước chuyển sang nền kinh tế thị trường có sự điều tiết của nhà nước. Bên cạnh những thuận lợi mới, còn rất nhiều thách thức mới đối với Khoa như: Lý luận truyền thống của nền kinh tế tập trung bao cấp thì không còn phù hợp trong khi lý luận kinh tế mới thì chưa được kiểm chứng về khả năng phù hợp trong điều kiện Việt Nam; Cần phải xây dựng cơ cấu nội dung các môn học phù hợp cho một ngành mới cùng với các tài liệu giảng dạy thích hợp; Nên lựa chọn nguồn tài liệu của Việt Nam hay của nước ngoài để sử dụng cho các môn học với trọng tâm là kinh tế thuỷ lợi. Với tinh thần phát huy nội lực, vượt qua những khó khăn, cán bộ giáo viên trong Khoa đã làm được những việc như sau:

- Xây dựng được một chương trình đào tạo cho toàn khoá theo nội dung cải cách giáo dục dùng cho ba chuyên ngành: Quản lý/kinh tế xây dựng, Kinh tế quản lý khai thác công trình thủy lợi và Kinh tế tài nguyên thiên nhiên;

- Trong những năm đầu các bộ môn đã dành nhiều thời gian cho biên soạn tài liệu phục vụ giảng dạy và học tập. Lần đầu tiên có những giáo trình mang đặc thù của Ngành kinh tế thuỷ lợi ra đời, phục vụ kịp thời cho việc giảng dạy như: Kinh tế xây dựng; Kinh tế thuỷ nông; Kinh tế sử dụng tổng hợp nguồn nước; Pháp luật về tài nguyên nước; Kinh tế đầu tư xây dựng thủy lợi; Đơn giá dự toán; Tài chính tín dụng; Phân tích hoạt động kinh doanh; Phân tích đánh giá dự án đầu tư; Tổ chức sản xuất và quản lý thi công;…

- Nâng cao chất lượng giảng dạy và đào tạo thông qua việc tranh thủ sự giúp đỡ của các cộng tác viên là giáo sư, phó giáo sư và giảng viên có kiến thức kinh tế thuỷ lợi ở trong và ngoài trường, trong công tác giảng dạy;

- Thường xuyên tổ chức trao đổi học thuật trong khoa học với các khoa khác trong Trường và với các trường bạn;

- Đẩy mạnh các hoạt động nghiên cứu khoa học và phục vụ sản xuất. Nhờ các hoạt động này mà trình độ của giảng viên được nâng cao cũng như tạo điều kiện để thày trò gắn lý luận với thực tiễn sản xuất, đồng thời, qua đó đã hình thành nên một số đề tài luận án tiến sĩ và được bảo vệ thành công ở trong và ngoài nước;

- Mở rộng quan hệ hợp tác quốc tế. Đây là một công việc hết sức khó khăn, đòi hỏi có sự cố gắng, nỗ lực của đội ngũ giáo viên. Muốn thực hiện được công việc trên, người giáo viên không những phải nắm vững chuyên môn, thực tế của Việt Nam mà còn phải có trình độ ngoại ngữ nhất định để giao tiếp và trao đổi với bạn. Trong những năm qua Khoa đã nhiều lần tiếp xúc, làm việc với các giáo sư của Đại học Braunschweig (Đức), Đại học quốc gia Colorado (Hoa Kỳ), Đại học Vũ Hán (Trung Quốc), Đại học Thammasat (Thái lan), Viện Quản lý tưới tiêu quốc tế;

- Năm 2000 trong khuôn khổ của dự án DANIDA WAterSPS “Nâng cao năng lực giảng dạy của Trường đại học Thủy lợi" của Chính Phủ Đan Mạch, Khoa Kinh tế thủy lợi đã nhận được nhiều sự hỗ trợ đặc biệt như trang thiết bị văn phòng, cử giảng viên đi học ngắn và dài hạn, giáo sư Đan Mạch sang giảng dạy bồi dưỡng cho giảng viên của Khoa và đặc biệt là biên soạn nhiều cuốn giáo trình theo yêu cầu mới và tiêu chuẩn quốc tế như: Kinh tế vi mô và vĩ mô, Kinh tế môi trường, Kinh tế sử dụng tổng hợp nguồn nước, Kinh tế thủy lợi;

- Trong chiến lược phát triển Nhà trường và đổi mới chương trình đào tạo, các thầy cô giáo đã tích cực tham gia vào việc xây dựng nội dung chương trình đào tạo theo các trường tiên tiến của Mỹ, dịch và biên soạn nhiều giáo trình cho chương trình đào tạo mới theo hệ thống tín chỉ của Nhà trường và của Khoa.

- Cử giáo viên đi nghiên cứu ngắn hạn và dài hạn hoặc thực tập ở Đức, Hà Lan, Nga, Malaysia, Thái Lan, Singapore,... đã có 70% số giáo viên trong Khoa được đào tạo theo hình thức trên. Đó là những động lực thúc đẩy sự phát triển của Khoa;

- Đặc biệt Khoa đã nhận được sự hỗ trợ mạnh mẽ và có hiệu quả của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Giáo dục và Đào tạo và của Lãnh đạo Nhà trường trong suốt quá trình xây dựng và phát triển.